Index

A

accept_discordant (velocyto.logic.Discordant10X property) (velocyto.logic.Intermediate10X property) (velocyto.logic.Logic property) (velocyto.logic.ObservedSpanning10X property) (velocyto.logic.Permissive10X property) (velocyto.logic.SmartSeq2 property) (velocyto.logic.ValidatedIntrons10X property)

add_mappings_record() (velocyto.molitem.Molitem method) append_exon() (velocyto.transcript_model.TranscriptModel method)

B

bc (velocyto.read.Read attribute)

C

chop_if_long_intron() (velocyto.transcript_model.TranscriptModel method) chrom (velocyto.gene_info.GeneInfo attribute) (velocyto.read.Read attribute) chromstrand (velocyto.transcript_model.TranscriptModel attribute) clip3 (velocyto.read.Read attribute) clip5 (velocyto.read.Read attribute) contains() (velocyto.feature.Feature method)

count() (velocyto.logic.Discordant10X method) (velocyto.logic.Intermediate10X method) (velocyto.logic.Logic method) (velocyto.logic.ObservedSpanning10X method) (velocyto.logic.Permissive10X method) (velocyto.logic.SmartSeq2 method) (velocyto.logic.Stricter10X method) (velocyto.logic.ValidatedIntrons10X method)

D

Default (in module velocyto.logic) dictionary_intersect() (in module velocyto.molitem)

dictionary_union() (in module velocyto.molitem) Discordant10X (class in velocyto.logic) doesnt_start_after() (velocyto.feature.Feature method)

E

end (velocyto.feature.Feature attribute) (velocyto.gene_info.GeneInfo attribute) (velocyto.read.Read property) (velocyto.transcript_model.TranscriptModel property)

end_overlaps_with_part_of() (velocyto.feature.Feature method) ends_upstream_of() (velocyto.feature.Feature method) (velocyto.transcript_model.TranscriptModel method) exin_no (velocyto.feature.Feature attribute)

F

Feature (class in velocyto.feature) feature (velocyto.segment_match.SegmentMatch attribute)

FeatureIndex (class in velocyto.indexes) find_overlapping_ivls() (velocyto.indexes.FeatureIndex method) find_overlapping_trascript_models() (velocyto.indexes.TransciptsIndex method)

G

geneid (velocyto.gene_info.GeneInfo attribute) (velocyto.transcript_model.TranscriptModel attribute) GeneInfo (class in velocyto.gene_info)

genename (velocyto.gene_info.GeneInfo attribute) (velocyto.transcript_model.TranscriptModel attribute) get_downstream_exon() (velocyto.feature.Feature method) get_upstream_exon() (velocyto.feature.Feature method)

H

has_ivls_enclosing() (velocyto.indexes.FeatureIndex method)

I

Intermediate10X (class in velocyto.logic) intersects() (velocyto.feature.Feature method) (velocyto.transcript_model.TranscriptModel method)

is_last_3prime (velocyto.feature.Feature property) is_spliced (velocyto.read.Read property) (velocyto.segment_match.SegmentMatch attribute) is_validated (velocyto.feature.Feature attribute)

K

kind (velocyto.feature.Feature attribute)

L

last_interval_not_reached (velocyto.indexes.FeatureIndex property) layers (velocyto.logic.Discordant10X property) (velocyto.logic.Intermediate10X property) (velocyto.logic.Logic property) (velocyto.logic.ObservedSpanning10X property) (velocyto.logic.Permissive10X property) (velocyto.logic.SmartSeq2 property) (velocyto.logic.Stricter10X property) (velocyto.logic.ValidatedIntrons10X property)

list_features (velocyto.transcript_model.TranscriptModel attribute) Logic (class in velocyto.logic)

M

mappings_record (velocyto.molitem.Molitem attribute) maps_to_exon (velocyto.segment_match.SegmentMatch property) maps_to_intron (velocyto.segment_match.SegmentMatch property) mark_overlapping_ivls() (velocyto.indexes.FeatureIndex method) maxtidx (velocyto.indexes.TransciptsIndex attribute) module velocyto.feature velocyto.gene_info velocyto.indexes velocyto.logic velocyto.molitem velocyto.read velocyto.segment_match velocyto.transcript_model

Molitem (class in velocyto.molitem)

O

ObservedSpanning10X (class in velocyto.logic)

P

perform_validation_markup (velocyto.logic.Discordant10X property) (velocyto.logic.Intermediate10X property) (velocyto.logic.Logic property) (velocyto.logic.ObservedSpanning10X property) (velocyto.logic.Permissive10X property) (velocyto.logic.SmartSeq2 property) (velocyto.logic.Stricter10X property) (velocyto.logic.ValidatedIntrons10X property)

Permissive10X (class in velocyto.logic) pos (velocyto.read.Read attribute)

R

Read (class in velocyto.read)

ref_skipped (velocyto.read.Read attribute) reset() (velocyto.indexes.FeatureIndex method)

S

scan_not_terminated (velocyto.indexes.TransciptsIndex property) segment (velocyto.segment_match.SegmentMatch attribute) SegmentMatch (class in velocyto.segment_match) segments (velocyto.read.Read attribute) skip_makes_sense (velocyto.segment_match.SegmentMatch property) SmartSeq2 (class in velocyto.logic) span (velocyto.read.Read property) start (velocyto.feature.Feature attribute) (velocyto.gene_info.GeneInfo attribute) (velocyto.read.Read property) (velocyto.transcript_model.TranscriptModel property)

start_overlaps_with_part_of() (velocyto.feature.Feature method) strand (velocyto.gene_info.GeneInfo attribute) (velocyto.read.Read attribute) stranded (velocyto.logic.Discordant10X property) (velocyto.logic.Intermediate10X property) (velocyto.logic.Logic property) (velocyto.logic.ObservedSpanning10X property) (velocyto.logic.Permissive10X property) (velocyto.logic.SmartSeq2 property) (velocyto.logic.Stricter10X property) (velocyto.logic.ValidatedIntrons10X property) Stricter10X (class in velocyto.logic)

T

tidx (velocyto.indexes.TransciptsIndex attribute) transcipt_models (velocyto.indexes.TransciptsIndex attribute) TransciptsIndex (class in velocyto.indexes)

transcript_model (velocyto.feature.Feature attribute) TranscriptModel (class in velocyto.transcript_model) trid (velocyto.transcript_model.TranscriptModel attribute) trname (velocyto.transcript_model.TranscriptModel attribute)

U

umi (velocyto.read.Read attribute)

V

ValidatedIntrons10X (class in velocyto.logic) velocyto.feature module velocyto.gene_info module velocyto.indexes module velocyto.logic module

velocyto.molitem module velocyto.read module velocyto.segment_match module velocyto.transcript_model module